Como não são analisados pelo Ibama, órgão que avalia o potencial de periculosidade ambiental dos defensivos agrícolas para garantir sua segurança, os produtos ilegais podem impactar negativamente o meio ambiente, colocando em risco a fauna e a flora nativas. Essas substâncias também têm potencial para contaminar o solo e a água ao serem expostos a produtos que podem conter concentrações e componentes químicos desconhecidos ou diferentes daqueles registrados e autorizados para uso no Brasil.
Além disso, embalagens de produtos ilegais não são recolhidas pelo programa brasileiro de logística reversa de embalagens vazias de defensivos agrícolas. Quando descartadas de forma inadequada, embalagens que contenham resíduos de produtos químicos utilizados no campo, podem causar contaminação ambiental. Muitas vezes estas embalagens são queimadas ou enterradas dentro das propriedades rurais, representando risco, inclusive, para animais silvestres.
Segundo o Instituto Nacional de Processamento de Embalagens Vazias (InPEV), a destinação inadequada de embalagens vazias de defensivos agrícolas pode resultar em graves ameaças ao meio ambiente, com a emissão de 19 mil toneladas de CO2 na atmosfera, o equivalente a cinco meses de geração de lixo em uma cidade de 500 mil habitantes ou o consumo de 37 mil barris de petróleo equivalente.
