A legislação brasileira prevê diversas formas de punição para infrações tanto na pesquisa quanto na comercialização, como advertência, multa, apreensão e suspensão da venda de organismos geneticamente modificados (OGM) e seus derivados, entre outras penalidades. Há, ainda, a possibilidade de embargo da atividade, interdição parcial ou total do estabelecimento e até mesmo a suspensão ou o cancelamento do registro, da licença ou da autorização de funcionamento. Para controle, a autoridade fiscalizadora deve encaminhar uma cópia do auto de infração à Comissão Técnica Nacional de Biossegurança (CTNBio).