São um conjunto de técnicas de manejo que ajudam o agricultor a fazer uso sustentável da biotecnologia no campo. As boas práticas agronômicas incluem: dessecação antecipada, uso de sementes certificadas, tratamento de sementes, adoção de áreas de refúgio, controle de plantas daninhas e voluntárias, e monitoramento de pragas. Elas contribuem para a preservação e sustentabilidade da biotecnologia no campo, para o aumento da produtividade e para a redução de perdas em culturas de soja, milho e algodão Bt (resistente a insetos).