O uso de sementes ilegais favorece a disseminação de pragas e doenças entre regiões e propriedades rurais e a introdução de pragas e doenças inexistentes no Brasil, o que pode causar grandes prejuízos para a agricultura nacional. Além disso, sementes ilegais podem não possuir pureza genética, vigor e boa germinação, comprometendo o desenvolvimento e a produtividade das lavouras.
Falhas na lavoura deixam mais espaço livre para o crescimento de plantas daninhas que podem dificultar o controle do cultivo e aumentar os gastos com defensivos agrícolas A semente pirata também pode acarretar perda de rendimento e de lucratividade nas principais culturas.
E ainda: representa risco financeiro ao agricultor, porque a lavoura plantada com semente pirata não pode ser segurada.
