Dentre as boas práticas agronômicas, a adoção do refúgio é a principal ferramenta para retardar a resistência em populações de insetos. O refúgio consiste em cultivar uma área com plantas não Bt em lavouras de soja, milho ou algodão Bt (resistentes a insetos).
A semeadura de um percentual do terreno com variedade não Bt, de porte e ciclo iguais ao da planta transgênica, é fundamental para produzir animais suscetíveis à toxina inseticida que acasalam com os eventuais indivíduos resistentes e, assim, geram uma prole também suscetível ao Bt.
O refúgio deve ocupar pelo menos 20% da área plantada no caso da soja e do algodão e 10% no do milho, para que o agricultor possa se beneficiar da tecnologia a longo prazo. É preciso respeitar sempre o máximo de 800 metros de distância entre a cultura Bt e a não Bt, pois é esse o raio em que as mariposas voam e acasalam. A localização do refúgio deve ser estabelecida para garantir o máximo de acasalamentos entre indivíduos das duas áreas.
E há muitas sugestões de distribuição espacial (em faixa, bloco, perímetro, pivô central ou em conjunto com outra cultura) do ponto de vista da eficácia biológica. Além disso, o controle de plantas daninhas e a adubação do solo devem ser os mesmos nas duas áreas, para não dessincronizar os ciclos e haver maiores chances de acasalamento entre os insetos resistentes e os suscetíveis.
A rigor, as operações agronômicas são as mesmas nas áreas de refúgio e nas com plantas transgênicas inseticidas, exceto no que diz respeito ao controle dos insetos-alvo.
